dailybiocommands

バイオインフォマティシャンが日常的によく使うコマンドを集めてみた

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Mac

GNU core utilities(coreutils)の例

  1. ターミナルを開く
  2. Homebrewをインストールする $ /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
  3. 「You have not agreed to the Xcode license. Before running the installer again please agree to the license by opening Xcode.app or running:」というメッセージが出たら以下を実行し、使用許諾書が表示されたらagreeとタイプ $ sudo xcodebuild -license
  4. coreutilsをインストールする $ brew install coreutils
  5. ターミナルで以下がエラー無く実行できればOK $ gls

MacにはデフォルトでBSD系のコマンドが入っているため、区別するためにcoreutilsのコマンドは頭にgをつけた名前となっています

したがってlsglsとなります

Win

Gnu On Windows(Gow)の例

  1. Gowから最新バージョンのインストーラ(例:Gow-0.8.0.exe)をダウンロードし、ダブルクリックしてインストール (こだわりがなければすべてデフォルトでOK。勝手にパスも通してくれます)
  2. コマンドプロンプトを起動し、以下がエラー無く実行できればOK $ ls

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